西门子S7-1200和三菱FX5U在轴控制和非标设备应用上的区别可以详细归纳如下：

一、轴控制方面的区别

西门子S7-1200：

轴数限制：在开环控制下，S7-1200支持的最大脉冲轴数为4个，这一数量是固定的 ，无法进一步扩展。而在闭环控制方式下，可以通过PROFIdrive或模拟驱动器接口控制多达8个驱动器，显示出更强的多轴控制能力。

运动控制指令：提供了包括MC_Power、MC_Reset、MC_Home等丰富的运动控制指令，这些指令能够满足复杂的自动化需求，使得运动控制更加精确和灵活。

三菱FX5U：

高轴数控制：FX5U内置了对36轴的运动控制支持，这在实际应用中可以通过结合使用内置IO、以太网接口以及MODBUS RTU协议来实现对更多轴的控制。特别地，在某些配置和优化条件下，它甚至能够实现多达42轴的伺服控制。

定位功能：提供了诸如定位控制、回原点、手动JOG等高级功能，这些功能对于需要高精度定位的应用场景（如机床的X轴Y轴工作台定位控制）非常有用。此外，其定位控制程序可以支持最多20个定位工序，且全部使用两轴直线插补方式，确保了高精度和平稳的运动控制。

二、非标设备应用方面的区别

西门子S7-1200：

适用规模：S7-1200特别适合中等规模的自动化应用。其强大的处理能力和高性能CPU使其能够轻松应对复杂的控制任务。

通信与集成：支持PROFINET、以太网以及串口通信（如RS232、RS485），这种广泛的通信协议支持使其能够轻松与其他设备和系统集成，从而实现更高级的自动化控制和监控。

编程与调试：使用TIA Portal作为主要编程环境，该软件提供了用户友好的界面、丰富的函数库以及强大的调试工具，极大地简化了程序的开发和调试流程。

三菱FX5U：

特定应用优化：在机床等特定应用中，FX5U展现了出色的性能。其定位控制程序不仅具有自动和手动定位功能，还包括工序暂停、重启等实用功能，提升了设备的操作便捷性和生产灵活性。

编程环境：虽然GX Works3编程软件对新手可能有一定的学习难度，但其结构化梯形图编程方式以及中文标签的使用确实为调试和程序阅读带来了便利。

扩展性：FX5U提供了多种输入输出扩展模块，可以根据实际需求进行IO点的扩展，但在大规模或复杂应用中，其扩展能力可能相对有限。

综上所述，西门子S7-1200和三菱FX5U在轴控制和非标设备应用方面各有优势。S7-1200以其强大的性能和广泛的通信协议支持在中等规模自动化应用中脱颖而出，而FX5U则在特定的高精度定位控制场景中表现出色。